《圓覺經》立意于萬法虛偽，一切唯識。全文結構嚴謹，運思致密，可以分為十二章。其中，每一章由一位菩薩和佛陀之間的問答組成。

       這樣的布局，在結構上每章既相互獨立，又互為鋪墊相互聯系，體現出層層推進，步步深入的意蘊。同時，在內容上每四章又集中闡發一個佛意，組成一個部分，使全經十二章分為三個部分。這樣，在構思上，每一部分都有在分別中見組合，在組合中見差異的特征。即：

       第一部分，由文殊、普賢、普眼、金剛藏，這四位菩薩依次就遠離煩惱、妄有根塵、佛性真如、萬法唯心等大乘理趣，向佛陀請益。

       第二部分，由彌勒、清凈慧、威德自在、辯音，這四位菩薩分別就斷滅輪回、漸次差別、圓覺三觀、二十五法門等禪法，請佛陀解疑。

       第三部分，分別由凈諸業、普覺、圓覺、賢善首，這四位菩薩針對消惡業、四禪病、安道場、傳經典等問題，請佛開示。

       佛陀分別就十二菩薩的提問，從義理、修持、禪機三個方面，逐一進行了分析和論述，義玄而深邃，開人心智。

       這種結構特征，反映了《圓覺經》在謀篇布局上的精致細密、整齊對稱。在經文各章中的問答上，也一一對應，娓娓道來，使宣說教義的宗旨和佛陀的解疑緊密結合，文富義博，思路清晰，開迷解惑，首尾圓融。

       從思維的過程和論述中心看，全經三個部分各有側重，對應著大乘教義、修正方法、道場持守。從推理方法來看，在全經三個部分中，每一部分都采用了歸納和演繹推理交替進行的方式。

       在十二章中，每一章都可以視為佛陀針對一位菩薩的辯答，都是從個別到個別的推理過程；每一章的結論，都是下一章邏輯推理的起點以及演繹出另一位菩薩的進一步探究。這都充分表現出《圓覺經》頗具匠心的構思。各章中由菩薩的提問到佛陀的回答，在句法上都是從疑問句轉換到陳述句，表達了明確的判斷。

       同時，各章大體上是由散文句式的問答到偈頌式的總結，從邏輯上看都是精思竭慮的分析和歸納。章章互為鋪墊，四章合為一個部分，三個部分構成全經，形成了四分一總，三總一合，即分、總、合的布局。

       這種布局，使經文問答一體，圓融和合，類比、演繹、歸納各種思維形式交替使用，具有問法契心，直探靈覺義理之妙。為全經弘揚圓覺教義，圓融頓漸差異，綸貫華嚴精粹，提挈毘尼要義，彰顯唯識真諦，把握般若智慧起到了重要作用。